Twórcą muzeum był lekarz medycyny Feliks Przypkowski (1872-1951), lekarz z zawodu, a z pasji astronom.

Od 1909 r. w prywatnym mieszkaniu, sąsiadującym z własnym obserwatorium astronomicznym, udostępniał społeczeństwu zgromadzone przez siebie zbiory. W 1962 r. rodzina Przypkowskich przekazała swe zbiory państwu, dając tym początek Państwowemu Muzeum im. Przypkowskich w Jędrzejowie.

Zasadniczy dział stanowi kolekcja zegarów słonecznych (od XV wieku do czasów najnowszych) oraz przyborów astronomicznych, gnomonicznych i przyrządów służących do pomiaru czasu (klepsydry, zegary ogniowe czy ciekawsze typy zegarów mechanicznych). Szczególnie interesującymi eksponatami są: XVI-wieczny zegar słoneczny, dzieło Erazma Habermela, zegar z armatką strzelającą w południe, wykonany dla Stanisława Leszczyńskiego, zegar wahadłowy z 1654 r. należący do króla Jana Kazimierza (skradziony w październiku 2002 r.). Znajduje się tu także unikatowa w skali światowej majolikowa klepsydra wodna pochodząca z XVII w., z Sycylii.

Szczególną pozycję zajmują również zbiory związane z działalnością Legionów Polskich. W sierpniu 1914 r. do domu Przypkowskich dotarła siedmioosobowa konna czujka pod wodzą Władysława Beliny-Prażmowskiego, a w ślad za nią I Kompania Kadrowa. W 1915 r. kwaterował tu z całym sztabem Józef Piłsudski. Zachowała się kanapa, na której sypiał, sprzęty i naczynia, których używał, szachy, którymi grywał w wolnych chwilach. Jedna z szaf nosi ślad po kuli wystrzelonej przypadkowo z pistoletu Komendanta. Są też pamiątki po oficerach z jego świty, czako Beliny, nadsyłane przez nich z frontu listy, poezje i podziękowania za gościnę.

Muzeum posiada bibliotekę starodruków (m.in. dzieło M. Kopernika „De revolutionibus orbium coelestium” wydane w 1566 r. w Bazylei), dział negatywów gromadzący zabytkowe klisze, kolekcję grafiki i ekslibrisu (zbiory od XVI do XX w.). Zgromadzono tu także eksponaty związane z historią miasta i regionu, a dział gastronomii przechowuje m.in. zbiory dawnych naczyń i przyborów kuchennych.