Oprócz klasztoru na uwagę w Jędrzejowie zasługuje także gotycki kościół Św. Trójcy z XV w. (zachowana pierwotna nawa główna i prezbiterium z tego okresu). Pobudował go w 1475 r. opat cystersów Mikołaj w miejsce zniszczonego kościoła parafialnego pod wezwaniem św. Katarzyny w centrum miasta. Początkowo jednonawowy z prezbiterium, zakrystią i kaplicą od strony północnej. W 1479 r. dobudowano kaplicę południową ze sklepieniem sieciowym. Przełom XVI/XVII w. przyniósł budowę kaplicy przy prezbiterium i powstanie renesansowej polichromii ściennej. Po pożarze w XVII w. kościół został odbudowany; później był jeszcze przebudowywany: w 2. poł. XVIII i u schyłku XIX w.
Z okresu średniowiecza zachował się krucyfiks i brązowa chrzcielnica. Warto również zwrócić uwagę na kamienne portale z XV i XVI w. oraz wspomnianą ścienną polichromię renesansową w kaplicy południowej.
W latach 1978-1982 kościół był rozbudowany (przedłużenie nawy od zachodu) według projektu architekta Jerzego Żuławskiego, co zmieniło niestety jego pierwotną stylową sylwetkę.
Wbrew pozorom zwiedzanie kościoła Św. Trójcy może zająć sporo czasu. Warto bowiem zatrzymać się przy znajdujących się wewnątrz kościoła licznych marmurowych epitafiach, m.in. płaskorzeźbionym, późnorenesansowym epitafium Hieronima Łuczyńskiego z żoną z 1. poł. XVII w., czy Piotra Wybranowskiego (zm. 1643) z herbem Poraj. Na zewnątrz kościoła uwagę zwraca figura Chrystusa niosącego krzyż oraz wykonany przez Feliksa Przypkowskiego zegar słoneczny.
