Wczesnorokokowy prospekt, cały niebieski z licznymi złoceniami tworzy wspaniałą ozdobę architektoniczną. Sekcja główna, w formie wklęsłego półkola, wypełniająca szerokość zachodniego przęsła nawy głównej kościoła, złożona jest z sześciu członów wieżyczkowych w układzie symetrycznym, które wysunięte są półkolistymi ryzalitami o akantowo-kwiatowej dekoracji. Całość spoczywa na podwieszonym, falującym belkowaniu. Pozytyw imitujący lożę wsparty jest na spiralnych konsolach, osadzonych na ozdobnie ukształtowanym filarze.

Dekoracja prospektu oparta jest o Księgę Psalmów Starego Testamentu. U podstawy pozytywu rozpięty jest orzeł symbolizujący Miłość Bożą i Chwałę Kościoła. Po bokach umieszczone są figury św. Cecylii z lutnią, patronki muzyki kościelnej, zaś po przeciwnej stronie król Dawid z harfą, jako dyrygent anielskiej orkiestry. Pucołowate aniołki na gzymsie prospektu i pozytywu symbolizują niebiański chór. Dojrzeć tam również możemy Murzyna grającego na fagocie i Niewiastę z cynkiem, czyli dawnym drewnianym instrumentem.

Organy jędrzejowskie zachowały się prawie całkowicie w swej dawnej postaci, posiadają unikalne rozwiązania techniczne. Instrument posiada 42 głosy, 4 manuały oraz pedał. Wysuwana spod manuału związanego z pozytywem klawiatura służy do automatycznego transponowania wykonywanej muzyki o cały ton niżej. Takie rozwiązanie należy do rzadkości, a kute w brązie klucze rejestrowe nie mają odpowiedników na świecie. Organy jędrzejowskie są jednym z najcenniejszych zabytków tego typu w Europie (były wzorem, który posłużył budowie organów w katedrze oliwskiej), dlatego przyciągają nie tylko turystów, lecz także artystów-muzyków. Od 1995 r. w jędrzejowskim klasztorze odbywa się Międzynarodowy Festiwal Muzyki Organowej i Kameralnej, w którym biorą udział znani artyści z całego świata, m.in. z Włoch, Belgii, Austrii, USA, Kanady.